Przy wyborze jednego z trzech opracowanych programów higienizacji bądź też indywidualnie dobranego programu higieny, bierzemy pod uwagę wiele różnych czynników. Należą do nich między innymi:
- częstotliwość wykonywania zabiegów
- występowanie chorób przewlekłych ( insuliooporność, cukrzyca, hashimoto, choroby tarczycy, wrzodziejące zapalenie jelit), występowanie u pacjenta lub w jego rodzinie chorób przyzębia (paradontozy)
- obecność lub brak: zębów, uzupełnień protetycznych stałych (koron, mostów),
- wypełnienia stomatologiczne, odbudowy stomatologii estetycznej typu bonding, implantów i uzupełnień na implantach
- poziom świadomości, umiejętności pacjenta, także możliwość utrzymania odpowiedniej higieny domowej. Dotyczy to między innymi użytkowników aparatów ortodontycznych, uzupełnień protetycznych stałych i ruchomych na zębach własnych, uzupełnień protetycznych stałych i ruchomych na implantach, a także pacjentów w podeszłym wieku czy z paradontozą, u których mamy odsłonięte fragmenty korzeni w wyniku przebiegu choroby
- styl życia i nawyki pacjenta ( na przykład stres czy palenie papierosów)